Isso é simples na teoria. Você precisa criar um link simbólico do (s) diretório (s) que fará EXATAMENTE o que você deseja. Ele copia atalhos que parecem e agem como arquivos reais para o usuário e programas. Em seguida, você pode excluir os links simbólicos que não deseja que excluem apenas os links; então você copia o resto dos "arquivos" (realmente links) como o normal e copiará os arquivos reais.
Mas o Windows é baseado em GUI e não há uma solução de GUI integrada para criar links simbólicos. Além disso, o prompt de comando também dificultou. (Se você usa o Linux, é fácil e direto através do terminal, e alguns gerenciadores de arquivos gráficos como o GNOME Commander facilitam também a interface gráfica do usuário.)
Sooo .. para executar a solução acima a maneira "fácil" é baixar um plugin e arquivo de suporte (se necessário; leia as notas de download) aqui Isso adicionará opções de links simbólicos ao menu do botão direito do mouse. O que você quer é "Escolha a origem do link" para "copiar" o diretório, depois "Soltar como > Clone do Hardlink" para colar. Trabalhar no diretório vinculado como você deseja excluir arquivos (links) e tal. Em seguida, copie e cole regularmente (NÃO selecione o link e solte como) para onde você quiser e Voila, atalhos copiados como arquivos!
Por fim, exclua a pasta vinculada e é como se nada tivesse acontecido.
O plugin parece funcionar muito bem. Experimente! Só tome cuidado para fazer apenas Hard Links (sem links ou junções) e não se esqueça de trabalhar com os links e não com os arquivos reais!
Agora, para aqueles que mencionam o mklink, aqui está o que eu encontrei enquanto desenvolvia esta resposta. Usando mklink através do prompt de comando em execução como um administrador (procure por CMD e clique direito e execute como administrador) deve trabalhar o mesmo ... Mas não para mim (e muitos outros se você pesquisar). Eu tenho um acesso negado mesmo depois de modificar os privilégios via secpol.msc. Parece ser um problema predominante.