Eu acredito que a opção para isso é no Compiz, ou seja, brilho e contraste em opções de acessibilidade. Para chegar até ele, você precisa do gerenciador de configurações do CompizConfig.
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Em seguida, digite ccsm
na execução ou no terminal.
Para programas de vinhos individuais, defina o nome do processo como o nome do arquivo .exe
(diferencia maiúsculas de minúsculas), por exemplo, WINWORD.exe
para o Microsoft Word ou FL.exe
para o Fruity Loops.