Não sei ao certo o que está causando a redefinição das permissões (imagino que seja uma política em torno do armazenamento efêmero em uma instância do EC2), mas acho que uma maneira mais segura de lidar com isso seria criar um diretório em / mnt com as permissões que você precisa.
Minha teoria é que este diretório não teria suas permissões alteradas por qualquer manutenção que a Amazon esteja executando, além de ser mais segura.