Eu não acho que você pode definir uma marca para um arquivo específico via .vimrc, no entanto, você pode mapear um comando para '' V 'para que ele abra seu $ MYVIMRC (não manterá a linha específica)
:nnoremap 'V :e $MYVIMRC<CR>
É claro que você também pode escolher outra sequência de teclas para não substituir o comportamento normal de '' V ''.