A maioria dos pacotes no Medibuntu são agora obsoletos, mas a principal diferença entre ele e o Multiverse é que o Medibuntu contém pacotes que são legalmente difíceis ou não amigáveis para crianças (por exemplo, há um aplicativo de monitor de sistema que afirma mostrar uma pessoa se despir - Eu nunca usei, então não tenho ideia.
Foi uma vez que você precisou do Medibuntu para adicionar suporte para muitos formatos proprietários, para reproduzir alguns DVDs, etc., e até mesmo para o Adobe Acrobat Reader. No entanto, a maioria deles foi movida para o repositório do parceiro ou para o Multiverso.
Quanto às bibliotecas FFMPEG, elas são essencialmente as mesmas bibliotecas com diferentes opções de compilação por razões legais. A versão do Medibuntu não deve mais ser necessária.