O seguinte, que você pode adicionar a ~/.emacs
ou onde quer que seu script de init viva, deve resolver esse problema desabilitando as barras de rolagem em quadros recém-criados, imediatamente após eles serem criados:
(add-hook 'after-make-frame-functions
'(lambda (frame)
(modify-frame-parameters frame
'((vertical-scroll-bars . nil)
(horizontal-scroll-bars . nil)))))
Funciona para mim no Emacs 24.3 no Linux e no Darwin; Aquamacs é estranho, então sua milhagem pode variar, mas duvido que seja estranho o suficiente para quebrar isso.