O Windows usa um sistema de arquivos e um kernel totalmente diferentes. Cada sistema de arquivos tem um conjunto de setores que precisam ser bons para que o sistema de arquivos funcione corretamente. Se um desses setores cruciais for ruim, não será formatado. Os sistemas de arquivos FAT possuem uma tabela de alocação de arquivos, se qualquer um dos setores desta tabela estiver com problemas quando a formatação e a formatação falharem. O NTFS tem um conjunto diferente de setores requeridos.