Por padrão, o ffmpeg recodificará todos os fluxos que não tenham sido explicitamente selecionados para o modo copiar cópia e a taxa de bits de codificação de vídeo padrão (dependendo do codificador) pode ser muito baixa para fornecer uma qualidade de saída adequada. Em vez de recodificar, você pode copiar o vídeo com -codec:v copy
como uma opção de saída.
Para uma taxa de bits de áudio tão baixa, recomendo usar um codificador AAC que ofereça suporte a HE-AAC. Este exemplo é adaptado do Guia de codificação FFmpeg e AAC e usará aproximadamente 16kb / s por canal para uma saída estéreo :
ffmpeg -i input.mkv -codec:v copy -codec:a libfdk_aac -profile:a aac_he_v2 -b:a 32k output.mkv
Dependendo do conteúdo do seu áudio de entrada, essa taxa de bits baixa provavelmente não será tão boa, mesmo com este codificador. Note que HE-AACv2 pode não ser suportado pelo (s) seu (s) decodificador (es) direcionado (s), e você provavelmente terá para compilar o ffmpeg para libfdk_aac
support.
O áudio Opus seria outro bom formato, mas da última vez que verifiquei as especificações do Opus no container Matroska ainda não foram finalizadas; embora através do boato eu acho que o progresso está sendo feito.