É porque quando você fixa um atalho como esse do IE9 +, é "fixá-lo" em vez de criar um atalho mais tradicional para uma URL.
Você perceberá que ele também ganha o ícone do site à esquerda dos botões de navegação e os botões de navegação terão o matiz de cor do ícone da página.
Ele oferece recursos para desenvolvedores que um atalho normal não poderia fornecer.
Mais informações de Microssoft: Introdução a sites fixos
Blurb:
A Pinned site is more than just a shortcut, however. With very little effort, developers can access features of the Windows 7 taskbar or Windows 8 Start screen from their websites—features that can greatly improve a user's ability to navigate, control, and interact with the sites they visit.