Isso não é necessariamente um problema. Se ambos os processos são mostrados em 96%, você tem um processador multi-core. Por padrão, top é executado no "modo Irix", o que significa que ele mostra o uso da CPU como uma porcentagem de um único núcleo. É por isso que vários processos podem ser exibidos como sendo executados em 100%.
Para desabilitar isso e ver a porcentagem do uso total da CPU, pressione Shift + i enquanto top está sendo executado. Para obter mais informações sobre top e as informações exibidas, veja minha resposta aqui .