A EFI System Partition (ESP) contém gerenciadores de inicialização e arquivos relacionados. Ele deve ser compartilhado entre sistemas operacionais, portanto, você deve ser capaz de usar um único ESP para Windows e Linux. Na verdade, é preferível usar vários ESPs porque o instalador do Windows reage mal à presença de vários ESPs; ele tende a ficar confuso e trava no meio da instalação. (Pelo menos, isso era verdade no Windows 7; eu não tentei com o Windows 8.) Dito isso, a especificação EFI explicitamente permite múltiplos ESPs, então este é definitivamente um bug do Windows.
Versões anteriores do Debian e do Ubuntu tiveram um bug que os levou a limpar o conteúdo do ESP durante a instalação. Eu não verifiquei o Debian mais recente para ver se esse bug foi corrigido, mas eu recomendo cautela nessa questão; você deve fazer o backup do ESP usando o Windows ou um live CD do Linux antes de instalar o Debian. Se o instalador apagar o ESP, você poderá restaurar o seu gerenciador de inicialização do Windows a partir do seu backup.