Então o problema era exatamente que o gerenciador de inicialização estava faltando. Ele tinha sido instalado na partição antiga do Windows, então não era mais após a formatação. Isso tornou as ferramentas de reparo inúteis, já que não havia nada para consertar.
A solução é criar um novo gerenciador de inicialização usando BCDEdit . Aqui você pode ler o tutorial para criar um novo gerenciador de inicialização. Funciona como um charme mais ou menos como é. Você pode querer tomar cuidado com a letra da unidade.
NB: Se você tem um sistema x64, não se assuste com o fato de que tudo é inicializado a partir de \windows\system32\...
- que desperdiçou uma boa meia hora da minha vida.