Eu apenas tentei desativar o atalho e reiniciar, e ele ficou desativado.
Você pode tentar excluir ~/Library/Preferences/com.apple.symbolichotkeys.plist
.
Ou, se nada mais funcionar, você pode usar o KeyRemap4MacBook para mapear o espaço de comando para outra chave combinação:
<autogen>__KeyToKey__ KeyCode::SPACE, VK_COMMAND | ModifierFlag::NONE, KeyCode::F19</autogen>