Resolvido! Aqui está a solução final:
A cada 2 segundos de cada minuto, áudio e vídeo.
ffmpeg -i fullmovie.mp4
-vf "select='gte(mod(t\,60),0)*lte(mod(t\,60),2)',setpts='N/(FRAME_RATE*TB)'"
-vcodec libx264 -crf 23 -acodec libfaac -ac 1 -ab 56k
-af "aselect='gte(mod(t\,60),0)*lte(mod(t\,60),2)',asetpts='N/(SAMPLE_RATE*TB)'" trailer.mp4
- selecionar filtros avalia a expressão para cada quadro de entrada, descarta-o se o resultado for 0 e o mantém se o resultado for 1
- minha expressão retorna 1 para os primeiros 2 segundos de cada minuto
- os setpts modificam o PTS de cada quadro / amostra de acordo com o número de o quadro / amostra e o framerate / samplerate