Você está perguntando se pode evitar que o NERDTree seja executado no início ou está perguntando como iniciá-lo manualmente se tiver fechado após a primeira inicialização?
Se este último, você pode executar a árvore NERD manualmente via
:NERDTreeToggle
que abre o diretório atual
ou
:NERDTreeFind
O que abrirá a árvore até o arquivo atual.
Handy mappings, então o primeiro é "\" e o segundo é "|":
map \ :NERDTreeToggle<CR>
map \| :NERDTreeFind<CR>
Estou assumindo que essas ligações funcionarão no Windows, mas não tenho uma caixa do Windows à mão para testá-la.