O Ubuntu usa o xkb até permitir um layout de teclado diferente por janela. Estes são ativados por janela e provavelmente é por isso que o xmodmap foi ignorado.
Primeiro, reproduza as opções existentes (basta abrir as preferências do teclado e clicar em Opções no layout do teclado). Existem algumas opções de troca de chaves lá (eu não tenho o mac, então não sei se existe uma opção para trocar alt e comando, mas é bem provável).
Se não, o diretório / usr / share / X11 / xkb pode ser de interesse, mas aqui não me sinto capaz de explicar como adicionar novas opções de teclado.