Se você não se importa em ver o lote, apenas programe-o para ser executado com uma conta de usuário diferente. você pode criar um usuário para essa finalidade ou executá-lo em uma das contas de usuário do serviço existentes (SERVIÇO DE REDE, SERVIÇO LOCAL, etc.). o terminal não aparecerá na sua área de trabalho.
se você quiser assisti-lo, mas só quer começar minimizado, confira 'start / min'
cmd.exe /c start /min example.bat ^& exit