Você deve ser capaz de fazer algo como:
wget http://the.source.of.it.all $(< /the/list/of/files/here)
ou até mesmo executar o todo por um script que repita os arquivos lendo uma linha da lista e solicitando-a.
Quanto você sabe da programação shell? Você conhece bem os utilitários Unix de linha de comando? Você está familiarizado com uma linguagem de script, como Perl ou Python?