O tempo de inicialização aumenta a cada atualização principal, na minha experiência. Além disso, ao longo do caminho você instala serviços como dropbox ou qualquer coisa que pareça inocente, mas de alguma forma eles adicionam ao tempo de inicialização, assim como no Windows. Um tempo de inicialização de 2 minutos é ridículo, mas é a realidade, para mim também.
Se você realmente deseja testar, reinstale o sistema. Você pode manter sua conta como está. Reinstalar significa que a biblioteca do sistema está limpa e todos os aplicativos personalizados são removidos. Inicie com uma conta diferente e veja quanto tempo demora.