Você pode usar uma ação de script de shell como esta:
for f in "$@"; do
[[ $(stat -f %z "$f") -ge 50000 ]] && cp "$f" /tmp/ || cp "$f" ~/Desktop/
done
A entrada de passagem deve ser definida como argumentos. stat -f %z
(tamanho do formato) imprime o tamanho do arquivo em bytes. du -sk "$f" | cut -f1
(pasta especificada, blocos do kibibyte) imprimiria o tamanho do conteúdo das pastas.