Só se pode adivinhar casos como este, mas vamos ver se posso ajudar.
Certifique-se de que sua rede não tenha um loop de Camada 2 configurado. HUBs baratos bloquearão sua rede imediatamente se isso acontecer, mas outros não e o problema pode aparecer aleatoriamente.
Sinse você está transferindo localmente, existe uma chance de suas máquinas escolherem automaticamente usar o IPv6 para fazer isso, e alguns HUBs não digerem o tráfego IPv6 muito bem. Tente desabilitar o IPv6 nos adaptadores de rede dos seus computadores e veja se ele traz algum benefício.
Se não houver uso, você pode depurar seu tráfego de rede usando o Wireshark para ver que tipo de broadcast storm está em andamento e qual IP ou MAC foi responsável por ele.