Sou autor de um livro eletrônico gratuito que distribuo nos formatos PDF, (X) HTML e EPUB.
Atualmente eu gero (por scripts escritos por mim) HTML e EPUB a partir de arquivos fonte XHTML, e PDF a partir de um documento do OpenOffice.
É inconveniente, pois preciso editar arquivos XHTML e OpenOffice e mantê-los em sincronia.
Existe algum software que possa gerar PDF de qualidade e qualidade de EPUB (e HTML) de uma única fonte?
Você pode tentar o Sigil , ele é um editor de epub gratuito; você pode importar nele seus arquivos html e manualmente criar e editar o epub como quiser.
Há também o Caliber , um software de catalogação de e-books que, entre outros recursos, pode converter arquivos entre um grande número de formatos de e-books.