Não importa se o sistema operacional suporta NTFS como sistema de arquivos, você terá que particionar seu disco rígido externo para instalar qualquer sistema operacional nele. O sistema operacional precisa de sua própria partição.
Primeiro de tudo, o disco rígido é inicializável? ou seja, você pode selecioná-lo no menu de inicialização do BIOS? Se assim for, você pode apenas colocar o CD de instalação de qualquer distribuição GNU / Linux e selecione para instalá-lo nessa unidade. Encolha a partição NTFS do particionador do instalador e use um método de particionamento guiado para instalar a distro no espaço livre restante. Você pode pesquisar no google sobre como particionar unidades.
Uma vez que você particionou seu disco rígido e instalou a distro de sua escolha, você pode facilmente acessar seus arquivos na partição NTFS montando-os dentro do sistema operacional que você acabou de instalar - você pode usar ext3 ou qualquer outro padrão GNU. / Sistema de arquivos Linux. Você pode então mover os arquivos para uma pasta em seu sistema operacional e limpar a partição NTFS antiga para que o sistema operacional use todo o disco rígido externo.
Se a unidade não for inicializável, você poderá fazer backup dos seus dados e formatá-los para torná-los inicializáveis. Alternativamente, existem alguns guias sobre a instalação do GNU / Linux em discos rígidos não-inicializáveis aqui .