Tive o mesmo problema. Compiz constantemente em torno de 40% (AMD CPU, ATI 58xx, 12.04). Então eu segui este post link e a utilização da CPU caiu abaixo de 10%. Espero que ajude.
No funcionamento normal sem nada aberto, compiz
dispara até 50% do uso da CPU na minha máquina. Qual é anormal eu acho.
Isso é um bug ou esse comportamento é bom?
Estou executando o Ubuntu 12.04 no processador Intel i5
ATI 5400 mobilidade 512 MB Placa Gráfica
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