A menos que seu USB seja USB 3.0, seu maior problema é a perda de desempenho do USB 2.0. Usando discos rígidos 30mb / s é o melhor que eu já vi é o USB 2.0. Você terá a morte preferida para copiar um arquivo de 50GB através do USB 2.0. Se todos os seus arquivos forem relativamente pequenos, não será tão ruim assim. Levará 1 segundo para transferir 30mb e aumentará a partir daí.
Existe um módulo de software RAID 1 incorporado ao kernel. Como você planeja fazer o espelhamento e não o RAID 2,3,4,5,6, ou superior, o software RAID 1 não deve usar muita CPU, mas usará alguns.