Parece que seu shell armazenou em cache a localização de sox
por algum motivo. Você pode contornar o problema, fornecendo o caminho completo do comando:
/usr/bin/sox message.wav message.flac rate 16k
Teste hash -r
para limpar o cache de comando do seu shell. Tente também alias | grep sox
caso você tenha um apelido definido para um local incorreto.