Você pode contar os arquivos e verificar se há duplicatas:
md d:\test 2>nul
set /a count=0
set /a dupli=0
for /r "d:\" %%i in (*.pdf) do (
if not exist "d:\test\%%~nxi" (
copy "%%~fi" "d:\test\%%~nxi"
set /a count+=1
) else set /a dupli+=1
)
echo %count% files copied, %dupli% not (duplicate files).
Coloque a pasta de destino em outra unidade para evitar a cópia para si mesma.