O PlayOnLinux é um projeto interessante para superar alguns dos problemas que a Wine Development tem. Como o suporte a aplicativos do Windows não é uma ciência, um aplicativo do Windows pode funcionar perfeitamente no Wine 0.9.1, mas tornar-se extinto em 0.9.2 devido a uma atualização no Wine para que outro programa funcione. Normalmente, há também muitos ajustes que precisam ser feitos para tornar os programas que não estão com o status Platinum funcionando corretamente. O PlayOnLinux resolve tudo isso configurando versões e prefixos individuais do Wine para cada jogo - usando a melhor versão do vinho e aplicando todos os ajustes que o fazem funcionar da melhor forma possível.
Em resumo, você pode instalar o POL e o Wine lado a lado sem nenhum problema. Itens que não estão na biblioteca POL apenas serão instalados usando qualquer ambiente Wine que você tenha configurado.