Eu acredito que o utilitário linux "badblocks" pode fazer isso. (Você pode precisar de um disco de inicialização do Linux para usá-lo, a menos que você tenha um sistema operacional semelhante ao Linux).
Como os outros pôsteres disseram, essa é uma idéia incrivelmente ruim, e eu me recusaria a fazer isso por princípio. Quando um disco começa a ficar ruim, é provável que ele fique pior. Existem muitas razões para isso, uma das mais fáceis de entender é um pouquinho da superfície saindo do disco, e então sendo usado como um abrasivo que arranha o resto do disco - que está girando em alta velocidade. Invariavelmente, se uma unidade está recebendo setores danificados, é um sinal antecipado de que vai morrer.