Difícil de entender exatamente o que você está fazendo, mas seu arquivo de entrada se encaixa no formato de um arquivo de configuração (como windows ini ou unix conf). Eu sugiro que você use um módulo Perl, que pode ajudar a ler e escrever este formato facilmente. Tente Config :: Simple ou Config :: INI do CPAN.
Caso contrário, você está usando "perl -0777" (ignorar separadores de registro) intencionalmente? Isso é incomum para mim como é esta lista de one-liners em geral.