Isso acontece comigo às vezes quando conecto meu teclado e mouse por meio de um comutador KVM. Às vezes, um chkdsk não pode ser abortado porque não conectou totalmente meu teclado a tempo.
Isso acontecerá devido à abordagem assíncrona que o Windows teve para carregar drivers desde o Windows XP, o que significa que todos os drivers devem ser carregados ao mesmo tempo e o Windows aguarda até que todos eles sejam concluídos sem se preocupar com qual ordem eles terminam. Os resultados nunca são os mesmos.
No Windows 2000 todos os drivers foram carregados de forma síncrona, como em cada driver foi carregado em ordem e somente quando o driver anterior terminou de carregar. É por isso que o Windows 2000 conseguiu ter uma barra de progresso precisa durante o tempo de inicialização, em vez de apenas um que continua rolando para sempre até que seja feito. Esse comportamento foi interrompido porque a abordagem assíncrona praticamente sempre resultou em uma inicialização mais rápida.