Provavelmente não é exatamente a resposta que você quer ouvir, mas para acessar um arquivo como root você precisará fazer o login como root. Como você já tem acesso root na máquina, você pode (não necessariamente deve, mas pode) modificar o ssh para permitir logins de raiz. [Se você quiser saber como fazer isso, faça uma pergunta e eu posso responder, não é difícil]
Outra solução alternativa poderia ser configurar o x-forwarding (e xauth e seu editor de gui no servidor) e, em seguida, editar o arquivo na GUI no servidor, com a tela encaminhada para a sua área de trabalho. É um pouco complicado de configurar, mas não é difícil. Você provavelmente desejará ativar a compactação em sua conexão SSH também, se você fizer isso, senão, pode ser desnecessariamente lento em conexões com restrição de largura de banda)