Eu não tenho o VS 10.0 instalado para testar isso, mas tente colocar essas duas linhas em um arquivo de lote:
call "C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 10.0\VC\vcvarsall.bat"
makecert -sv SignRoot.pvk -cy authority -r sha1 -a -n "CN=Certificate" -ss my -sr localmachine certificate.cer