No linux, sempre que alguém abre um documento com o vim que é como a palavra da linha de comando, um ~ backup.filename.swp é criado, se você perder energia ou outras coisas ocorrem em que o vim sai anormalmente, o arquivo swp mantém as alterações que teria sido perdido.
No Windows, acredito que esse seja o mesmo tipo de instância que ocorre, embora no fechamento do documento, ele deva remover esse arquivo, pois o vim faz isso em uma saída limpa.
tl; dr Se você perder seu progresso, eu não recomendaria excluí-los.