EU SEMPRE faço um chkdsk quando um sistema Windows avisa que seja feito .... aguarde a contagem regressiva e FAÇA.
O que isto está lhe dizendo é que algum erro estrutural do sistema de arquivos é provável em um dos seus discos (provavelmente C: se estiver na reinicialização) e que você PODE continuar, mas você pode arruinar ainda mais seu disco até o ponto onde os esforços de recuperação podem não ser possíveis.