Você pode começar com algo assim:
src=/home/user
dst=/to/dir
find -exec printf " echo {} | \
sed 's|^$src|$dst|;s|/[^/]*$||' | \
xargs -n1 -I@ mkdir -p @\n" \; | \
sh
que cria a estrutura de diretórios no diretório de destino. Você pode adicionar muitos comandos ao printf.