Bem, o limite é 65.534 para o Fat32 e 4.294.967.295 para o NTFS; mas se você realmente atingir esse limite, há algo errado em seu aplicativo:
Sugiro que você divida os arquivos de log em (por exemplo) uma pasta para cada ano ou mês:
2012
01
01.xls
02.xls
....xls
31.xls
02
01.xls
02.xls
....xls
28.xls