O primeiro problema que você encontrou não foi a geometria do disco, mas sim o controlador / driver de armazenamento no Windows. O problema é que o sistema Windows nativo de inicialização dupla usa qualquer controlador de armazenamento integrado ao sistema, enquanto o domU do Xen usa um controlador IDE mais antigo para apresentar o disco emulado (mesmo se você estiver passando por uma partição física - é ainda emulando um controlador de armazenamento). Para obter o Windows corretamente, você precisa consertar a unidade de armazenamento no Windows - ou seja, você precisa instalar o novo controlador de armazenamento no Windows durante a inicialização. A principal questão é que, para instalar um novo driver de armazenamento, você precisa inicializar o Windows com êxito. Acredito que a maioria dos guias P2V já instalou este driver de armazenamento na plataforma nativa antes de desligar o Windows e iniciá-lo na plataforma virtual. Assim, você pode precisar voltar para a inicialização dupla e inicializar no Windows no computador nativo, instalar o novo driver de armazenamento e depois desligá-lo e inicializá-lo no Xen e inicializar a VM do Windows. Você pode pesquisar no Google vários guias para o Windows P2V que orientam você por essas etapas.
O problema de passar apenas pela partição do Windows para o domu do Xen é que ele passa apenas por essa partição, e não pelo MBR ou qualquer outra coisa. Para o Windows 7, isso pode ser especialmente ruim, já que ele usa uma partição de inicialização separada e realmente precisa dessas duas partições. Ao inicializar no modo de recuperação e fazer o fixmbr, você provavelmente escreveu um MBR nos primeiros setores da partição real do Windows, que destrói alguns dados. Pode haver uma maneira de corrigi-lo, mas neste ponto é provavelmente mais fácil começar do zero no Windows.
Além disso, um último ponto - a maioria dos computadores vem com uma licença OEM do Windows. Eu não sou especialista em licenciamento, mas o Windows quase certamente reclamará sobre a mudança na plataforma de hardware e precisará re-licenciar / ativar a si mesmo sob o novo hardware, o que pode não funcionar corretamente, já que o BIOS do Xen não possui a mágica OEM do Windows bit de licença.