No PowerShell, você aplica sua regex usando o operador -match
e, em seguida, exibe cada correspondência separadamente por vírgulas:
contig.exe | foreach-object{ if($_ -match "(.*) is in (.*)") {"'"$($Matches[1])'",'"$($Matches[2])'""}}
saída:
"E:\$Mft","80309 fragments"
"E:\$Mft::$BITMAP","2202 fragments"
Observe que coloquei as colunas com aspas para manipular colunas com espaços