Provavelmente o que você está ouvindo é o estacionamento das cabeças. Estou assumindo que é uma unidade de 2,5 ", eles foram projetados para serem acionados com mais frequência que unidades de 3,5", portanto o firmware foi projetado para estacionar as cabeças após um período de inatividade para evitar danos caso a unidade seja atingida durante a rotação. Eu não me preocuparia com isso, eu tive vários laptops que fizeram isso e os drives ainda estão strongs.
Algumas pessoas dirão a você que o estacionamento / desestacionamento constante aumenta os ciclos de trabalho na unidade, já li estatísticas em que a falha média da unidade é depois de tantos milhões de ciclos de trabalho. A maioria das unidades nunca alcançará esse ponto sob uso normal. Mas se você estiver preocupado com isso, existem alguns comandos que você pode executar em determinados sistemas operacionais (apenas isso no Linux) para controlar os diferentes recursos de proteção e economia de energia.
Ainda não experimentei todos os comandos e ferramentas, mas parecia ser o site com as informações mais abrangentes sobre o assunto que encontrei.