Eu suspeito que seja seguro, mas não posso ter absoluta certeza. Se puder, recomendo criar um arquivo compactado contendo uma cópia dessas pastas, colocando-o em uma mídia de backup em algum lugar e excluindo-as.
O Windows MAY envia um aviso dizendo que algo como "excluir essas pastas pode fazer com que programas registrados não funcionem", o que significa que eles são especificados no Registro como importantes para o programa (painel de controle da nVidia). Isso pode ou não ser um aviso válido, já que às vezes os instaladores especificam coisas como importantes que na verdade não são. Minha suspeita é que esse diretório está lá, caso você selecione "Reparar" no painel de controle Programas e Recursos.