Talvez isso possa acontecer se você tiver mais de uma versão do Autohotkey instalada, e o Scite4Autohotkey estiver executando a versão com suporte a Unicode, enquanto clicar duas vezes no arquivo está executando a versão sem suporte a unicode? Tente procurar várias versões do Autohotkey instaladas. Ou tente executar o script a partir da linha de comando apontando para a sua instalação Autohotkey_L e ver se funciona dessa maneira.