Estou brincando com o GNOME Shell há algum tempo e tudo é tranquilo. Tanto é assim que minha maior queixa é com a maneira como o lançador lida com alguns dos meus aplicativos. Na maioria das vezes, quando um aplicativo é adicionado ao lançador, ou seja, adicionado aos favoritos e carregado, haverá apenas uma instância dele mostrada no inicializador, com uma luz branca mostrada sob seu ícone.
Mas esse não parece ser o caso de todos os aplicativos. Alguns, embora fixados no lançador, mostram um ícone adicional depois de carregados. Existe uma solução para isso?
Bem, se é sobre a aplicação Java que você está falando - veja link para solução.
Basicamente, este é um problema relacionado ao modo como o Gnome Shell (bem, o Docky também) faz a correspondência entre as janelas usando a propriedade WM_CLASS. Mencionado acima solução baseia-se em duas coisas: - liga uma string WM_CLASS arbitrária ao aplicativo Java em particular, - garante que o arquivo * .desktop (think - launcher) tenha a mesma string que filename.