Para responder minha própria pergunta:
Firefox:
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Foi aberta a partição que costumava ser a unidade C no Windows e foi para: Documents and Settings / (usuário) / Dados de aplicativos / Mozilla / Firefox / Profiles
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Abra a pasta do perfil nesta e copie seu conteúdo (Ctrl + C)
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Firefox aberto. Clique em Ajuda, Solucionar problemas e, em seguida, "Abrir pasta de perfil"
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Feche o firefox e espere que ele termine completamente, antes de abrir a pasta de perfil no Firefox e copiar o conteúdo da pasta de perfil do Windows para este, substituindo todos os arquivos
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O firefox aberto e voila, todos os favoritos e até as extensões são restaurados.
Google chrome:
Para o Chrome, só copiei os favoritos, não o resto do perfil, pois não queria perder todos os meus cookies / cache no Linux e fazer login novamente em tudo. Pode ser possível copiar todo o perfil da mesma forma que o Firefox acima, mas eu não testei isso.
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Acesse Documentos e configurações / (usuário) / Configurações locais / Dados de aplicativos / Google / Chrome / Dados do usuário / Padrão
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Copie os arquivos 'Bookmarks' e 'Bookmarks.bak' para a área de transferência
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Vá para / home / (usuário) /. config / google-chrome / Padrão
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Cole o arquivo Bookmarks / Bookmarks.bak (Isso substituirá completamente os backups do Google Chrome do Google Chrome pelos do Windows)
Feito!
Bônus: FileZilla
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Acesse: Documents and Settings / user / Dados de aplicativos / FileZilla
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Copie o conteúdo para a área de transferência
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Acesse /home/(user)/.filezilla no Linux
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Cole o conteúdo da instalação anterior do FileZilla do Windows. (Isso substituirá completamente quaisquer novos sites / configurações / dados que você tenha adicionado no Linux, não faça isso a menos que você não tenha nada na sua instalação do FileZilla que também não esteja na instalação do windows)
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O FileZilla agora tem todas as configurações, sites no gerenciador de sites, etc. que você criou no Windows.