Quando o openssl é usado para criptografar algo, é um cenário bem simples de texto simples em texto cifrado sem muita outra sobrecarga. Não é mais rápido do que isso! A propósito, você deve considerar algo com um pouco mais de uma interface de usuário do que o openssl, como o GnuPG .
O que fará a maior diferença, não importa o que você use, será E / S de disco. Se possível, escreva o resultado em outro disco. (Se você quiser, você pode copiá-lo de volta para o primeiro disco assim que estiver pronto.) Isso será muito, muito mais rápido do que ler de um disco e gravar de volta no mesmo disco.