AFAIK você não pode fazer isso com mkvmerge
sozinho. Quando tive esse problema, usei ffmpeg
para adicionar um áudio silencioso (com taxa de amostragem, número de canais e bits correspondentes por amostra). O exemplo a seguir adiciona áudio mono silencioso com taxa de amostragem de 48 kHz a uma recompressão de vídeo sem .
ffmpeg -i in.mkv -f lavfi -i "aevalsrc=0::s=48000" -shortest -c:v copy out.mkv
Veja também: