Eu fui de um Gigabyte 880 (não UEFI) para o 990FX sem problemas. O problema que você pode atingir é o modo do controlador (AHCI / Legacy - que não tem relação com o particionamento). Eu acho que o padrão 990fx é herdado, mas não me lembro. Eu também tenho discos MBR.
Funcionou bem para mim, o que foi dito - Acredito em novas instalações com grandes alterações de hardware, então eu só corri isso por volta de uma semana ou mais e talvez não tenha atingido nenhum problema estranho que seja, imo, improvável.