ZPAQ é um arquivador pouco conhecido que faz deduplicação e, AFAIK, o único. Como o ZPAQ também faz o controle de versão, você pode manter cada backup em um único arquivo, reduzindo ainda mais o uso do espaço.
Você também pode usar um sistema de controle de versão, como o Git, que faz a desduplicação de arquivos automaticamente.
Ou, se você quiser algo mais complicado, pode mexer no Btrfs ou no ZFS, que são sistemas de arquivos com deduplicação integrada. A desduplicação do Btrfs não é tão boa quanto o ZFS.