O problema é que o SUID não está definido com a propriedade de raiz.
ls -l /usr/bin/truecrypt
No seu sistema, você terá uma saída como:
-rwxr-xr-x 1 root root
Para definir o tipo de SUID:
chmod u+s /usr/bin/truecrypt
Agora, 'ls -l' deve ficar assim:
-rwsr-xr-x 1 root root
Quando um executável recebe permissões SUID, sempre que o executável é iniciado, o processo resultante terá a propriedade do proprietário do executável, não a pessoa que está iniciando o processo.