Por observação, no Ubuntu 11.04, sempre que um aplicativo tenta adicionar um ícone à bandeja, há uma entrada de log com a palavra "TrayChild" no arquivo .xsession-errors no diretório pessoal do usuário. Você pode obter a lista de entradas negadas com o grep:
grep TrayChild "${HOME}/.xsession-errors"
Para adicionar o ícone do aplicativo à bandeja, que era minha pergunta também, o aviso neste link funciona. link
Apenas execute este comando, substitua "YOUR_APPLICATION" pelo nome do executável do aplicativo que você deseja "whitelist".
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['JavaEmbeddedFrame', 'Mumble', 'Wine', 'Skype', 'hp-systray', 'YOUR_APPLICATION']"